É o mais premiado arquiteto português de sempre. Recebeu numerosos Prémios, nomeadamente: em 1988, a Medalha de Ouro da Fundação Alvar Aalto, o Prémio Prince of Wales da Harvard University e o Prémio Europeu de Arquitectura da Comissão das Comunidades Europeias/Fundação Mies Van der Rohe. Em 1992 foi-lhe atribuído o Prémio Pritzker da Fundação Hyatt de Chicago pelo conjunto da sua obra. Em 1998, o Praemium Imperiale pela Japan Art Association, de Tóquio. Em 2001, recebe o Prémio pela Wolf Foundation em Israel. Em 2002, recebe o Leão de Ouro em Veneza (melhor projecto) pela Bienal de Veneza e o Prémio Vitruvio 2002 pelo Museo Nacional de Bellas Artes de Buenos Aires.